İddianamede, ordu ve kuvvet komutanlığı yapmış şüpheli Şener Eruygur'un emekli olduktan sonra geçmişte önemli suçlar işleyip mahkum olan hükümlü Semih Tufan Gülaltay ile toplantı yapmasının, 'Ergenekon' gizli yapılanmasının nasıl yönetildiğini, toplumsal olaylarda infiale neden olan basit gibi görünen fiillerin hangi makamlardaki görevliler tarafından yönlendirildiğini çok açık ortaya koyduğu vurgulandı.
Örgütün ülkede kaos ortamı yaratmak için eylemler düzenlediği ifade edilen iddianamede, Mersin ve diğer illerde meydana gelen 'bayrak yakma olayları' sonucu oluşan atmosfer ortamında İşçi Partisi tarafından organize edilen 'Bayrak Mitingi' yürüyüşlerinin Diyarbakır'da tertiplenmesinin de örgütün kaos ortamı oluşturmak için her yöntemi denediğini ortaya koyduğu kaydedildi.
Sanık Hurşit Tolon'un ifadesinde, hiçbir siyasi oluşum içinde olmadığını beyan etmesine rağmen birçok siyasi oluşumu doğrudan yönlendirip koordine ettiğinin belirlendiği ileri sürülen iddianamede, aynı konuda bu dosyada mevcut askeri şahısların örgütsel irtibatlarına bakıldığında hem görevli askeri şahısların hem de emekli olan askeri şahısların irtibatlarının hayatın olağan akışına uygun olmadığına dikkat çekildi.
