İddianamenin medya yapılanması bölümünde, Ergenekon Terör Örgütü'nün (ETÖ) kendi medya kuruluşlarını oluşturması ve diğer medya kuruluşlarını kontrol altına alması yöntemleriyle basın yayın organlarını kontrol altında tutmaya çalıştığı belirtiliyor.
Soruşturma sırasında ele geçirilen örgütsel dokümanlara göre, örgütün medyayı ele geçirme amacını gerçekleştirebilmek için öncelikle kendisine bağlı medya kuruluşlarını oluşturmayı hedeflediği belirlendi.
Bu çerçevede 'Ulusal Medya 2001', 'Televizyon Analiz Yönetim Ve Geliştirme Projesi', 'Kanal 6 Analiz Yönetim Ve Geliştirme Projesi' ve 'Dergi Analiz Proje' isimli dokümanlar hazırlayan ETÖ'nün gerekli çalışmaları yaptığı tespit edildi.
İddianamede, 'Bu kapsamda örgütün Cumhuriyet Gazetesi, Aydınlık Dergisi ve Ulusal Kanal üzerinde gerekli reorganizasyon çalışmasını yaparak örgütün amaç ve hedefleri doğrultusunda yönlendirmeye çalıştığı, diğer taraftan bunlarla da yetinmeyip şüpheli Hayrettin Ertekin vasıtasıyla o dönemde Business Channel'i kontrol altına almaya çalıştığı görülmüş ve bu hususlar önceki iddianamemizde ayrıntılı olarak anlatılmıştır.' denildi.