30 Mayıs 1979 doğumlu Fabian Ernst, kariyerine 1996 yılında Hannover 96 takımında başladı. 1996-1998 yılları arasında Hannover forması giyen Ernst, 54 maça çıktı ve takımı adına 1 gol kaydetti. 1998 yılında Hamburg'a transfer olan Ernst, 2000 yılına kadar forma giydiği takımında 48 maça çıktı. Ernst, Hamburg'da gol kaydetme başarısı gösteremedi.
Alman futbolcunun Hamburg'dan sonraki durağı Almanya Birinci Futbol Ligi'nin (Bundesliga) köklü takımlarından Werder Bremen oldu. 2005 yılına kadar Werder Bremen forması giyen Ernst 152 maça çıktı, 11 gol kaydetti. 2005 yılında Schalke 04'e transfer olan Ernst, Schalke formasıyla 3,5 yılda 103 maça çıktı ve 1 gol kaydetti. Ernst, kariyerinin en parlak dönemini 2003/2004 sezonunda lig şampiyonluğu yaşadığı Werder Bremen takımında geçirdi.
Fabian Ernst, 2002 yılında Almanya Milli Takımı formasını ilk kez Kuveyt'le oynadıkları bir karşılaşmada giydi. 2007 yılına Almanya Milli Takımı adına 24 maça çıkan Ernst milli forma altında 1 gole imza attı.
Ernst, oynadığı takımlarda, orta sahada savunmaya dönük futboluyla dikkat çekiyor.