Yargılama ve soruşturma henüz tamamlanmasa da, Ergenekon, Türk hukuk tarihinin en önemli davası olarak yorumlanıyor. Bu büyük soruşturma ve davanın seyri şöyle işledi:
12 Haziran 2007
Ümraniye Çakmak Mahallesi'ndeki bir gecekonduda el bombaları ve patlayıcılar ele geçirildi. Gelişme, Türkiye gündeminde uzun süre yeralacak önemli bir soruşturmanın ilk adımıydı.
'Ergenekon' adı da, burada ele geçirilen bazı belgelerle ilk kez telaffuz edildi. Bu ilk dalgaydı. Soruşturmanın devam ettiği 1 buçuk yıl içinde 9 operasyon daha yapıldı.
26 Haziran 2007
26 Haziran 2007'de, Eskişehir'de, Emekli Binbaşı Fikret Emek'in annesinin evinde 11 kilo patlayıcı ve suikast silahı 'kanas' ele geçirildi'.
15 Temmuz 2007
Gözaltına alınan flaş isim, Gazeteci-Yazar Ergun Poyrazdı.
21 Ocak 2008
3. dalga 21 Ocak 2008'de geldi. Emekli tuğgeneral Veli Küçük, avukat Kemal Kerinçsiz, Sami Hoştan, Sevgi Erenerol'un başını çektiği 14 kişi tutuklandı.
21 Şubat 2008
Soruşturmanın 4. dalgasında da yine dikkat çekici isimler gözaltına alındı.
Doçent Ümit Sayın, Profesör Emin Gürses ve gazeteci Vedat Yenerer gözaltına alındı.
22 Mart 2008
Ve 5'nci dalga...
Bu şok dalgada İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Profesör Kemal Alemdaroğlu ve Cumhuriyet Gazetesi imtiyaz sahibi İlhan Selçuk gözaltına alındı.
Perinçek tutuklandı, Alemdaroğlu ve Selçuk serbest bırakıldı.
1 Temmuz 2008
1 Temmuz 2008'de gerçekleştirilen 6. dalgada ise Emekli orgeneraller Şener Eruygur ve Hurşit Tolon gözaltına alındı. İki Orgeneral tutuklanarak cezaevine gönderildi.
15 Temmuz 2008
Ergenekon soruşturması iddianamesinin hazırlandığı açıklandı. Mahkemenin kabul ettiği 2 bin 455 sayfalık iddianameyle, 44'ü tutuklu 86 sanık hakkında dava açıldı.
Operasyonlarda tutuklanan emekli orgeneraller Hurşit Tolon ve Şener Eruygur'un da aralarında bulunduğu 22 sanığın yeralacağı ikinci iddianame ise henüz tamamlanmadı.
23 Temmuz 2008
Soruşturmanın 7. dalgası ise 23 Temmuz 2008'de gerçekleştirildi. 5 ilde eş zamanlı olarak düzenlenen operasyonda 26 kişi gözaltına alındı, tutuklanan olmadı.
18 Eylül 2008
18 Eylül 2008'deki 8. dalgada ise gözaltına alınan 19 kişiden 11'i tutuklandı. 3 gün sonra Gazeteci Tuncay Özkan, İstanbul eski Organize Suçlar ve Kaçakçılık Şube Müdürü Adil Serdar Saçan ve Esenyurt eski belediye başkanı Gürbüz Çapan cezaevine gönderildi.
24 Ekim 2008
9. dalga ise eski savcı Ertaç Giray'ın koruması tutuklandı.
7 Ocak 2009
10. dalga Ergenekon'un en çok konuşulan dalgası oldu.
Eski Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreteri emekli Orgeneral Tuncer Kılınç, Emekli Orgeneral Kemal Yavuz, eski genelkurmay Hukuk Müşaviri Tümgeneral Erdal Şenel, gazeteci-yazar Yalçın Küçük, eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, 9 muvazzaf yüzbaşı, Özel Hareket Dairesi Eski Başkanvekili İbrahim Şahin'in de aralarında bulunduğu 41 kişi gözaltına alındı.