UEFA Kupası'ndaki temsilcimiz Galatasaray'ın rakibi belli oldu. Metalist'in grubu lider bitirmesiyle 2. sırada kalan temsilcimiz Galatasaray, Şampiyonlar Ligi'nde 3. olup UEFA Kupası vizesi alan Fransa temsilcisi Bordeaux ile eşleşti. Galatasaray böylece üstüste 3. kez Bordeaux ile eşleşti. Temsilcimiz her iki eşleşmede de Fransızlara üstünlük kuramamıştı. Bu arada Galatasaray turu geçebilirse, UEFA Kupası 4. turunda NEC Nijmegen-Hamburg eşleşmesinin galibi ile karşılaşacak. UEFA Kupası 3. tur ilk maçları 18-19 Şubat 2009, rövanş mücadeleleri ise 26 Şubat 2009 tarihlerinde oynanacak. Galatasaray ilk maçı deplasmanda oynayacak. İŞTE 3. TUR EŞLEŞMELERİ:
BORDEAUX-GALATASARAYFiorentina-AjaxAalborg-DeportivoWerder Bremen-MilanZenit-StuttgartMarsilya-TwenteShakhtar-TottenhamPSG-WolfsburgKopenhag-Manchester CityNEC Nijmegen-HamburgSampdoria-Metalist Kharkiv Braga-Standart LiegeAston Villa-CSKA MoskovaLech Poznan-UdineseOlympikos-Saint EtienneD.Kiev-Valencia VE İŞTE 4. TUR EŞLEŞMELERİ:Yukarıdaki eşleşmelerde turu geçecek takımların 4. turdaki eşleşmeleri şöyle olacak: NEC Nijmegen-Hamburg / Bordeaux - GalatasarayWerder Bremen-Milan / Olympiakos-Saint EtienneAston Villa-CSKA Moskova / Shakhtar-TottenhamLech Poznan-Udinese / Zenit-StuttgartPSG-Wolfsburg / Braga-Standart LiegeD.Kiev-Valencia / Sampdoria-Metalist Kharkiv Kopenhag-Manchester City / Aalborg-DeportivoMarsilya-Twente / Fiorentina-Ajax