Ergenekon soruşturması kapsamında 26 Şubat 2008'de tutuklanan Muammer Karabulut, 'Silahlı terör örgütüne üye olmak', 'Türkiye Cumhuriyeti hükümetine karşı silahlı isyana tahrik etmekle' suçlanıyor.
Ergenekon terör örgütünün üyesi olmakla suçlanan Muammer Karabulut'un örgütün yöneticileri olduğu öne sürülen tutuklu sanıklar Türk Ortodoks Patrikhanesi Basın Sözcüsü Sevgi Erenerol ve avukat Kemal Kerinçsiz'in talimatlarıyla değişik yazılar yazarak, örgütün basın yoluyla propagandasını yaptığı iddia ediliyor. İddianamede Karabulut'un toplumsal eylemlere katılıp halkı hükümete karşı isyana tahrik ettiği ifade ediliyor.