Mahkemede 'Danıştay saldırısını, Alparslan Aslan'ın yerine bana vereceklerdi' şeklindeki ifadesiyle dikkatleri üzerine çeken Osman Yıldırım'ın cezaevinden yazdığı şifreli mektup iddianameye girdi. Yıldırım mektubu savcıya ulaştırılması için şifreli yazdığını belirtti. İddiaya göre Yıldırım, tanıdığı olan İbrahim Genç'in bir takım şahısları mektuba şifreli biçimde yazdığına tanık oldu. Cezaevinde olduğu için isimleri açıkça yazamayan Yıldırım, Genç'e bu şekilde bir mektup göndermesi halinde savcıya ulaşacağını düşünerek Ergenekon'un öldürmeyi planladığı kişileri temsil eden şifreli bir mektup yazdı.
Şifreli mektup, Yıldırım'ın düşündüğü gibi savcının eline ulaştı ve ek ifadesi alındı. Yıldırım, Öz'e verdiği ifadede mektuptaki sakallı ve şapkalı kişinin tetikçiyi, resmin sağ ve sol tarafındaki Arapça 'Ya Allah' ve 'Allah'u Ekber'in tetikçilere kullandırılan sloganların, kelepçe resmiyle de tetikçinin yakalanacağının anlatıldığını söyledi. Yıldırım'ın şifreli mektupta yazdığı kişilerin ise iddianamede Demirel, Baykal, Erdoğan Teziç, Bülent Eczacıbaşı, Vural Savaş, Eruygur, Kemal Anadol, Kemal Gürüz, Bekir Coşkun, Çölaşan, Tuncay Özkan, Kanadoğlu, Sezer, Cumhuriyet Gazetesi, Türkan Saylan, Mustafa Süzer, ABD Elçiliği, Gülay Tuğcu, Orhan Pamuk, Ruhat Mengi, Joost Lagendijk, Wilson ve Patrikhaneler olduğu belirtildi. Yıldırım, Cumhuriyet'e yeni bir saldırı yapıldığını öğrenince savcıya söylediklerinin doğru olduğunun kanıtlandığını anlattı.