1968'de Fikir Kulüpleri Federasyonu (Dev-Genç) Genel Başkanlığı yaptı. 1968 gençlik hareketleri sırasında üniversite işgallerinde gençlik hareketinin 'resmi' ve 'fiili' önderiydi. Arkadaşlarıyla birlikte 1968'de Aydınlık dergisini yayınladı. İşçi-Köylü gazetesini 1969'da yayınlamaya başladı. 21 Mayıs 1969 tarihinde arkadaşlarıyla birlikte yasadışı Türkiye İhtilalci İşçi Köylü Partisi'ni (TİİKP) kurdu. 12 Mart 1971 askeri darbesinden sonra arandı. Şehirlerde ve Söke yakınlarında, Beşparmak dağlarında faaliyetlerde bulundu. Mayıs 1972'de Ankara'da yakalandı. TCK 141. maddeden iki ayrı davada, hapisanede isyana önderlik iddiasıyla ve mahkemeye hakaretten dört ayrı davada yargılandı. 20 yıl hapis cezasına hükmedildi. Temmuz 1974'te genel afla serbest oldu.
1974 Kıbrıs Barış Harekatı'nda Türkiye'yi işgalci olarak niteledi. Ve bu yönde yayın ve eylemler yaptı.
12 Eylül öncesi dönemde Aydınlık gazetesinde yayınladığı ülkücü isimler birkaç gün sonra sol örgütler tarafından infaz edildi. Bu nedenle milliyetçi camia Perinçek'i hiç unutmadı.
12 Eylül 1980 darbesinden sonra tutuklandı, önce 12 yıla, sonra 8 yıla mahkum edildi. Mart 1985'te serbest kaldı.
1987'de haftalık 2000'e Doğru dergisinin yayınlanmasına önderlik etti. Genel Yayın Yönetmeni ve Başyazarı oldu. Bu dergiye röportaj yapmak için 1989 Ekim ve 1991 Nisan'ında bölücü terör örgütü PKK'nın Bekaa'daki kampına giderek bölücübaşı Abdullah Öcalan'la röportajlar yaptı. Bölücübaşı Öcalan'ın elinden Bekaa Kampı'nda gül alacak kadar samimi fotoğrafları hala hafızalardaki yerini koruyor.
Sahibi olduğu 2000'e Doğru dergisinde ordu aleyhine hazırladığı kapaklarla güvenlik güçlerinin terörle mücadelesine sık sık balta vurdu. O zamanki adı Özel Harp Dairesi olan şimdiki adıyla Özel Kuvvetler Komutanlığı'nın aleyhine yönelik yayınları ile askerlerin tepkisini çekti.
10 Nisan 1990'da 'Sansür Sürgün Kararnamesi'nin çıkarılmasıyla hakkında tutuklama kararı verildi. Temmuzda teslim oldu, Diyarbakır Cezaevi'nde üç ay tutuklu kaldı.
1991 yılında TCK 141. maddesinin kaldırılmasıyla siyasal haklarına kavuştu ve Temmuz ayında Sosyalist Parti 2. Büyük Kongresi'nde Genel Başkanlığına seçildi. Temmuz 1992'de Sosyalist Parti'nin Anayasa Mahkemesi'nce kapatılması üzerine kurulan İşçi Partisi'ne Genel Başkan seçildi.
1998 yılı Eylül ayının 24. günü, gözaltına alındı. Terör örgütü PKK'ya silah ve para yardımı yapmakla suçlandı. 1991 seçimlerinde TRT'de yapılan Liderler Açık Oturumu'nda yaptığı konuşma nedeniyle Terörle Mücadele Yasası 8. maddeye dayanılarak verilen 14 ay hapis yattı. Perinçek, 8 Ağustos 1999'a kadar 10 ay 10 gün Haymana Cezaevi'nde kaldı.
Geçmiş yıllar İslam hakkındaki söylemi ve yayınladığı eserlerle toplumun tepkisini çeken Perinçek, son yıllarda 'Misyonerlik artıyor din elden gidiyor' diyecek kadar değişim yaşadı. Ulusalcı eylem ve hareketlerin ön safındaydı. 2002 yılında Kızılelma Koalisyonu olara bilinen birlikteliğin önderliğini yaptı. Ergenekon Operasyonu kapsamında tutuklanan emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün Perinçek'in oğlu Mehmet Perinçek ile temas kurarak Kızılelma Koalisyonu'nu kurduğu öne sürüldü.
Ergenekon Operasyonu'nun başlaması ile birlikte sık sık basın toplantısı düzenleyerek böyle bir yapılanmanın olmadığını söyleme gereği duydu. Tutuklanan emekli Tuğgeneral Veli Küçük ile birlikte Cumhuriyet gazetesinin satın alınması girişimlerinde bulunduğu iddia edildi.
Siyasal Bilgiler Fakültesi mezunu, gazeteci Şule Perinçek ile evli olan Perinçek'in Zeynep, Kiraz, Mehmet ve Sadık Can isminde dört çocuğu var.
PERİNÇEK'İN 2000'E DOĞRU DERGİSİNDEN BİRKAÇ BAŞLIK
2000'e Doğru Dergisi PKK'nın yayın organı mıydı?
Öyle olmadığını söyleyeceksiniz.
Peki neden PKK'nın 'psikolojik harp merkezi' gibi çalıştınız?
Sadece soruyoruz: 2000'e Doğru Dergisi'nde bu haberleri neden yaptınız?
-Türk askerleri Cudi de kimyasal silah kullanıyor (23.Temmuz 1989)
-PKK ordulaşıyor: Doktor Baran, komando taburuna meydan okuyor: ?Gelin buradayız? diyor. Karakol komutanı erzaklarını PKK ile paylaşıyor.(6 Ağustos 1989)
-?Dağlarda Gerilla barınmayasın? diye Ordu, orman yakıyor (3 Eylül 1989)
-Öldürülen PKK gerillaları efsaneleşiyor, kimse öldüklerine inanmıyor. ( 24 Eylül 1989)
-PKK kamp komutanları anlatıyor: Hedefimiz çocuklar değil (3 Aralık 1989)
-Nusaybin'de Kürt intifadası ( 18 Mart 1990)
-Gerillalar Onbaşı'yı dağa kaldırdı (1 Nisan 1990)
-Hakkari'nin küçük generalleri ( 21 Mayıs 1990)
Bu haberlerin yanı sıra 2000'e Doğru'da, Abdullah Öcalan tıpkı Atatürk'ün Kocatepe'deki fotoğrafına benzetilerek dağda çekilmiş fotoğrafına yer verildi.(22 Ekim 1989)
Ayrıca bugün medyanın gündeminde olan PKK'lı Yücel Halis cezaevinde olduğu 1991 yılında, 2000'e Doğru aracılığıyla dağdaki teröristlere mesajlar gönderdi. ( 1 Eylül 1991)
Uzatmayalım bu durum 20 Ekim 1991 seçimleri öncesine kadar devam etti.
Dergi o dönem Kürtlerin partisi HEP ile ittifak yapabilmek için kolları sıvadı ve haber yapmaya başladı:
-Taban birlik istiyor (25 Ağustos 1991) vs.
ZAMAN - samanyoluhaber