Ergenekon'da duruşma savcılığı yapan Pekgüzel, yargılandığı Adana 2. Ağır Ceza Mahkemesi'nce 'silahlı terör örgütüne üye olma' suçundan 2 Ağustos 2018'de 7 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırıldı.
İstinaf kanun yoluna başvurulmasının ardından Adana Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi yerel mahkemenin kararını hukuka uygun bulundu.
Temyiz üzerine dosyayı görüşen Yargıtay 16. Ceza Dairesi, Pekgüzel hakkındaki mahkumiyet kararını onadı.
Yargılama sürecindeki hukuki işlemlerin kanuna uygun yapıldığının, hükme esas alınan tüm delillerin hukuka uygun olarak elde edildiğinin belirtildiği dairenin kararında, vicdani kanının kesin, tutarlı ve çelişmeyen verilere dayandırıldığı, eylemlerin doğru olarak nitelendirildiği vurgulandı.
Pekgüzel'in, Ergenekon davasına bakan diğer hakim ve savcılarla birlikte 'suç uydurma ve görevi kötüye kullanma' suçlarından ise ilk derece mahkemesi sıfatıyla Yargıtay 8. Ceza Dairesi'nde yargılanmasına devam ediliyor.