Reytinglerin zirvesinden inmeyen “Teşkilat”ın yeni bölümünde; nefesleri kesecek büyük operasyon başlıyor.
Türkiye'ye getirilen Fadi, ‘Kale'ye yönelik planlanan saldırıyla ilgili sorguya alınır ancak soruları cevapsız bırakır. Fadi'nin yakalanmasına rağmen, Şef büyük saldırı planına devam etmesi için Ceren'e talimat verir.
Karargâhta yapılan değerlendirmeler sonucunda Ceren için yolun sonuna gelindiğine karar verilir. Ceren'in Şef başta olmak üzere tüm bağlantılarıyla birlikte yakalanması için operasyon planlanır. Bu sırada büyük saldırı için ülkeye gelen teröristler kurdukları düzenekle televizyonlarda boy gösterip tehditler yağdırır.
Planlanan saldırının detaylarına ulaşmak için farklı yollar arayan Uzay, Fadi tarafından aktarılan paraların izini sürmek için Gürcan'a ihtiyaç duyar. Kale'ye yönelik büyük saldırıyı engellemek için ekip dört bir koldan mücadele verirken onları büyük sürprizler beklemektedir.