Henri Barkey, aslen İzmirli Musevi bir ailenin çocuğu olarak İstanbul'da doğdu.
Barkey, üniversiteden mezun olduktan sonra Pennsylvania Üniversitesi Siyaset Bilimi Bölümü'nde doktorasını tamamladı
1998-2000 yılları arasında Amerikan Dışişleri Bakanlığı'nın Politika Planlama Bölümü'nde; Türkiye, Yunanistan, Kıbrıs, Irak ve istihbarat alanlarında doğrudan dışişleri bakanına bağlı olarak çalıştı.
Ortadoğu ve Türkiye uzmanı Barkey, eski CIA görevlisi Graham Fuller'la "Kürt Sorunu" adlı kitabı yazdı. Yazdığı bu kitapla Türkiye'de pek çok kesimin dikkatini çekti. Makaleleri Los Angeles Times, The International Herald Tribune gibi gazetelerde yayımlanan Barkey, News Hour, CNBC, ABC News and NPR gibi televizyonlarda siyaset yorumculuğu yaptı.
Barkey, Fetullah Gülen'in yeşil kart alması için bizzat referans olmuş, ılımlı İslam teorisyenlerinden biri. Gülen Cemaati'yle yakın ilişkilerde bulunan Barkey sık sık başta Ortadoğu'dakiler olmak üzere cemaatin bazı bölgelerindeki okullarında düzenlenen toplantılarına katılıyor. Türkiye'de doğup büyüdüğü için Türkçe'yi anadili gibi bilen Barkey "Gülen'in CIA'yla bir bağlantısı yok" diyerek dikkatleri üzerine çekmişti. Barkey Gülen'in ABD'de oturum izni alması için referans olan isimlerden eski CIA'da görev almış Graham Fuller'in yakın arkadaşı.
Barkey, ABD'nin Princeton, Columbia, Pennsylvania ve New York Devlet Üniversitesi gibi önde gelen okullarında dersler de vermiş olan Barkey, Newsweek, Washington Post ve Wall Street Journal gibi medya kuruluşlarında yazılar yayınlıyor. Şu anda Carnegie Endowment For International Peace adlı düşünce kuruluşunda çalışıyor.
Barkey ABD'nin Pennsylvania eyaletinde Lehigh Üniversitesi'nde Uluslararası İlişkiler Bölüm Başkanı ve Woodrow Wilson Uluslararası Akademisyenler Merkezi'nde Ortadoğu Programının Direktörü.
Henri Barkey, sosyolog Karen Barkey'in kardeşi.
Kasım 2017'da İstanbul başsavcılığı tarafından ‘Gezi eylemleri, 17-25 Aralık soruşturması ve 15 Temmuz darbe girişiminin uluslararası ayağı' olduğu iddia edilerek Barkey'in hakkında yakalama kararı çıkartıldı.