Ahmet Şık 1970 yılında Adana'da doğdu. İstanbul Üniversitesi İletişim Fakültesi Gazetecilik Bölümü'nden mezun oldu. Mesleğe, üniversitenin birinci sınıfında iken Milliyet gazetesinde stajyer muhabir olarak başlayan Şıkı 1991 ve 2007 yılları arasında Cumhuriyet, Evrensel ve Yeni Yüzyıl gazeteleri ile Nokta dergisinde muhabir, Reuters haber ajansında da foto muhabir olarak çalıştı.
2005 yılında Radikal gazetesinde çalışırken Doğan Grubu'na alacak davası açtığı için işten çıkarıldı. Sonrasında çalışmaya başladığı Aktüel dergisinden de açtığı dava gerekçe gösterilerek işine son verildi.
Hrant Dink suikastı sonrasında Nokta dergisinde yayımlanan "Asker İç Güvenlikten Elini Çekmeli" başlıklı röportaj ve Hayata Dönüş Operasyonunun yıldönümünde Bayrampaşa Cezaevi'nin kadın koğuşunda sağ kurtulan Münevver Köz ile yapılan "Bayrampaşa'da O gün" başlıklı söyleşi nedeniyle Türk Ceza Kanunu'nun 301. maddesinden yargılandı. 8 Mart 2007'de medyanın askerler tarafından fişlendiğinin iddia edildiği “Askerin medya notları!” başlıklı habere imza attı.
Radikal gazetesinden çalışma arkadaşı Ertuğrul Mavioğlu ile birlikte yazdığı Kontrgerilla ve Ergenekon'u Anlama Kılavuzu ve Ergenekon'da Kim Kimdir? kitaplarında "Ergenekon Soruşturması'nın gizliliğini ihlal ettiği" iddiasıyla üç yıl hapis istemiyle yargılandığı davadan 13 Mayıs 2011'de beraat etti.
Aralık 2016'nın sonunda, bazı sosyal paylaşımları yüzünden Türkiye Anayasasına göre "Terör Örgütü Propagandası Yapmak" ve "Türkiye Cumhuriyetini, Yargı Organlarını, Askeri ve Emniyet Teşkilatını Alenen Aşağılama" suçlamaları yöneltilerek gözaltına alındı. Şık, sorgusu tamamlandıktan sonra "PKK/KCK ve FETÖ/PDY örgütlerinin propagandasını yaptığı" gerekçesiyle tutuklandı. Cumhuriyet, olayı "FETÖ'nün ipliğini pazara çıkaran Ahmet Şık, 'FETÖ propagandası' iddiasıyla tutuklandı." şeklinde duyurdu.
3 Mart 2011 tarihinde, Ergenekon Soruşturması kapsamında evinde ve İstanbul Bilgi Üniversitesi'ndeki odasında yapılan arama sonrasında gözaltına alındı. Gözaltında iki gün kaldıktan sonra tutuklanma talebiyle mahkemeye sevkedildi. Avukatı Bülent Utku, Şık'ın son zamanlarda hazırladığı ve İmamın Ordusu ismini vermeyi düşündüğü Fethullah Gülen'in emniyetteki örgütlenmesini anlatan kitabı nedeniyle gözaltına alındığını düşündüğünü dile getirdi.
6 Mart 2011'de "Ergenekon terör örgütüne üye olma" suçundan tutuklanarak gazeteci Nedim Şener ile birlikte Metris Cezaevi'ne gönderildi. 12 Mart 2012 tarihinde Nedim Şener'le birlikte tahliye oldu. Ahmet Şık, cezaevinden ayrıldıktan sonra ilk açıklamasında "Çok fazla bir şey söylemek istemiyorum. Eksik kalmış adalet, hukuk ve demokrasi getirmeyecek. Sadece benim davamda 5 tutuklu var, 100 civarında gazeteci hala içeride. İfade özgürlüğü meselesi sadece gazetecilerin sorunu değil. 600 civarında öğrenci var. Bunun mücadelesine devam edeceğiz. Bu komployu kuran, yürüten polisler, savcılar ve hakimler bu cezaevine girecek. Onlar buraya girdiğinde adalet gelecek. O cemaat bağlantılı, o çete bağlantılı adamlar buraya girecek. Bunlara sesini çıkarmadığı için siyaseten sorumlu AKP hükümetidir." ifadelerinde bulundu.
