Deniz Naki, 9 Temmuz 1989'da Almanya'nın Kuzey Ren-Vestfalya eyaletindeki Düren'de doğdu.
Tunceli'li bir ailenin oğlu olan Naki, doğduğu ildeki takımlardan FC Düren 77'nin gençlik takımında futbola başladı. Yetenekleriyle öne çıkan Naki, 2003 yılında Alman Bundesliga'nın önemli takımlarından Bayer Leverkusen'in altyapısına transfer oldu. Kısa sürede akranlarından ayrılan oyuncu ilk olarak Bayer Leverkusen II'ye terfi etti. Almanya Oberliga Nordrhein'de yarışan takımın önemli isimlerinden biri haline gelen Deniz Naki, 2009 kışında Bundesliga 2. takımı Rot Weiss Ahlen'e kiralandı. Özellikle takıma adaptasyonu ile dikkatleri üzerine çeken futbolcu, Son birkaç hafta, Pauli'ye transfer olan bir başka 2. Bundesliga takımı kazandı.
2009-2012 yılları arasında bu takımda forma giyen futbolcu, hem takımın vazgeçilmezi hem de taraftarların favori isimlerinden biri oldu. İlk sezonunun sonunda takımıyla Bundesliga'ya yükselme başarısının önemli mimarlarından biri olan yıldız futbolcunun macerası, takımı kadar parlak değildi. Özellikle yaşadığı yaralar formunu olumsuz etkiledi.
St. Pauli'nin küme düşmesinden sonra ayrıldı ve 2012-2013 transfer döneminde 2. Bundesliga'nın bir başka takımı olan Paderborn 07'ye transfer oldu. Burada 2013-2014 sezonu formasıyla futbol sezonunun başında Türkiye'ye transfer oldu.
200 bin Euro ile anlaşan Gençlerbirliği'nin başkent temsilcisi Deniz Naki, ilk kez Almanya'dan ayrılırken beklentileri karşılayamadı. Saldırıya uğrayınca kulübüyle anlaşarak sözleşmesini feshetti.
Sezon sonuna kadar herhangi bir kulüp ile anlaşamayan oyuncu, 2015-16 sezonunda TFF 2. Ligi'nde mücadele eden Amed Sportif'in teklifine olumlu yanıt vererek bu takımın formasını giymeye başladı. Amed Sportif taraftarlarının gözde isimlerinden Deniz Naki, bu sezon 14 maçta 9 gol attı.
