Gerekçeli kararın, "Susurluk Çetesi ve Ergenekon terör örgütü arasındaki irtibat" başlık bölümünde, "Susurluk kazası" sonrası yapılan yargılamada "derin devlet" yapılanmasının küçük bir hücresinin yargılanabildiği, bu süreçte derin devlet yapılanmasına karşı toplumsal bir tepki ortaya konulmuşsa da o zamanki şartlar ve delil durumu nedeniyle sınırlı sayıda kişinin, çete yöneticisi ve üyesi olmaktan cezalandırıldığı ifade edildi.
-"Ergenekon isimli bir terör örgütünün varlığının sabit oldu"
"Ergenekon terör örgütü"nün o tarih itibarıyla ortaya çıkan bu hücresiyle davanın sanıkları arasında güçlü örgütsel bağların olduğunun görüldüğü belirtilen kararda, "Örgüt eylemleri, eylem planları ve faaliyetleri" başlıklı kısımda şunlar kaydedildi:
"Mahkememizce Ergenekon terör örgütü tarafından işlendiği kabul edilen eylemlerin, yine Ergenekon terör örgütüne ait olduğu kabul edilen eylem planları ve faaliyetlerin, bunların amaç ve vasıflarının Ergenekon terör örgütünün varlığını gösterir delil mahiyetinde kabul edilmesi gerektiği kanaatine varılmıştır. Savunmalarda dikkate alınarak tartışılan, farklı zaman ve yerlerden ele geçen, dosya kapsamında bulunan, birbirlerini büyük oranda teyit eden kanuni delillere göre, 'Ergenekon isimli bir terör örgütünün varlığının sabit olduğu' kanaatine varılmıştır. Bununla birlikte, NATO'ya bağlı 'Avrupa Devletleri'nde Kontgerilla' denilen gizli örgütlenmelerin varlığı, bu gizli örgütlenmelere her devletin tarih ve kültürüne göre değişik adlar verildiği, bunlardan en çok bilinenlerinin İtalya'daki 'Gladio', Fransa'daki 'Rüzgargülü', Yunanistan'daki 'Koyun Postu' ve Belçika'daki 'Kılıç' isimli örgütler olduğu, Avrupa devletlerinin on yıllar öncesinde hukuk dışı bu gizli örgütleri ortaya çıkartıp tasfiye ettiği, sorumlularını yargıladığı, bugün için genel geçer, aynı zamanda doğru olan bir bilgidir. Ülkemizde adına 'derin devlet' de denilen 'kontrgerilla' örgütünün varlığı, Başbakan Bülent Ecevit dahil birçok kişi tarafından kamuoyuna duyurulmuştur. Bu konuda sayısız yayın yapılmıştır. Bunun dışında, 'Derin devlet', 'Gladyo' veya 'Kontrgerilla' şeklinde adlandırılan kanun dışı yapılanmanın varlığı ve terör örgütü niteliğinde olduğu, kamuoyunda belli ve açık bir husus olarak görülmüş, özellikle bu yapılanmanın varlığı konusundaki tespite nerede ise kimse tarafından itiraz edilmemiştir."
- "Örgütün, profesyonel bir örgütlenme olduğu değerlendirilmektedir"
Soruşturmalarda ele geçen ve "Ergenekon terör örgütü"ne ait olduğu konusunda kuşku bulunmayan örgüt belgeleri başta olmak üzere dosya kapsamındaki diğer delillere göre, Ergenekon'un, Avrupa'da adına "kontgerilla" denilen gizli örgütün, Türkiye'deki adı olduğu belirtilen kararda, "Susurluk kazası" sonrasında ortaya çıkan yapının da aslında "Ergenekon örgütü"nün küçük bir hücresi olduğu ifade edildi. Kararda, bu örgütlü yapıya Türkiye'de, Avrupa'daki örneklerine uygun şekilde Türk kültürüne ait bir terim olan "Ergenekon" isminin verildiğinin anlaşıldığı vurgulandı.