Mursi, Arap Baharı'ndan sonraki ilk cumhurbaşkanı olmasının yanı sıra, demokratik seçimlerle işbaşına gelmiş ilk cumhurbaşkanı ve ilk sivil cumhurbaşkanı olması bakımından da diğerlerinden ayrılıyordu.
Mursi seçim sonuçlarının 24 Haziran'da açıklanmasından 6 gün sonra, 30 Haziran 2012 tarihinde yemin ederek göreve başladı. Ancak cuntacılar tam bir yıl sonra 30 Haziran'da Tahrir Meydanı'nda büyük bir gösteri tertip ederek, onun iktidarının sonunu hazırladılar.
1 Temmuz'a gelindiğinde kendisinin atadığı, dönemin Savunma Bakanı Abdulfettah es-Sisi liderliğindeki Askeri Konsey bildiri yayımlayarak, Mursi'ye 48 saat süre verdi. 3 Temmuz 2013 tarihine gelindiğinde ise darbe gerçekleştirilerek, Mursi alıkonuldu ve bilinmeyen bir yere götürüldü.
- Mursi'nin yargı süreci
Mısır Başsavcılığı, Mursi ve diğer 130 sanık ile ilgili dosyayı 21 Aralık 2013 tarihinde Kahire Ceza Mahkemesi'ne gönderdi.
Başsavcılık Mursi ve arkadaşlarına "Hapishaneler Baskını" olarak bilinen davada "Ülkedeki 11 hapishaneyi basmak, 20 binden fazla mahkumu kaçırmak, 50'den fazla güvenlik görevlisini öldürmek ve polis karakollarına saldırmak" gibi suçlamalar yöneltti.
25 Ocak Devrimi esnasında Vadi en-Natrun Hapishanesi'nden kaçmakla da suçlanan sanıklara yapılan suçlamalar arasında, "Hamas, Hizbullah ve İran Devrim Muhafızları ile iş birliği yaparak güvenlik birimlerini basmak" gibi maddeler de yer aldı.
28 Ocak 2014 tarihinde görülmeye başlanan davada yargı heyeti, 16 Haziran 2015 tarihinde Muhammed Mursi hakkında idam cezası verdi. Kahire Ceza Mahkemesi, Mursi'nin yanı sıra aynı davada yargılanan 6'sı tutuklu 101'i firarda toplamda 107 kişi hakkında da idama hükmetti.
İdam cezası verilenler arasında Dünya Müslüman Alimler Birliği eski Başkanı Yusuf el-Karadavi, Müslüman Kardeşler Teşkilatı (İhvan) Rehberlik Konseyi Başkanı Muhammed Bedii ile teşkilatın siyasi kanadı Hürriyet ve Adalet Partisi (HAP) Genel Başkan Yardımcısı İsam el Aryan gibi isimler de vardı. Söz konusu davada 20 kişi de müebbet (25 yıl) hapis cezasına çarptırıldı.
Mursi ve arkadaşları hakkında verilen idam cezaları, Mısır yasaları gereği ülkenin en yüksek dini otorite olan Başmüftü Şevki Allam'a istişare amaçlı sunuldu.
Halen aynı görevde bulunan Allam, sadece istişare amaçlı kendisine gönderilen dava ile ilgili idam kararlarını onayladı. Halbuki yargıcın müftünün görüşünü dikkate almak gibi bir sorumluluğu dahi bulunmuyordu.
- Müftünün "onayladığı" idam kararlarını yüksek mahkeme bozdu
Mursi ve diğer sanıkların avukatları karara itiraz ederek temyize götürdü. Yüksek mahkeme 15 Kasım 2016 tarihinde "Vadi en-Natrun Hapishanesi olayları" olarak da bilinen davada, yaklaşık bir buçuk yıl sonra Mursi ve diğer tutuklu 26 sanık hakkındaki idam kararını bozarak, davanın başka bir yargı heyeti tarafından tekrar görülmesini kararlaştırdı. Bu davada yeniden yargılama süreci 26 Şubat 2017 tarihinde başlamıştı.
İdam cezasına çarptırıldığı "Hapishaneler Baskını" davası dışında Mursi'ye, 2016 yılında "İttihadiyye olayları" davasında 20 yıl, 2017 yılında "Hamas adına casusluk" davasında 25 yıl ve 2018 yılında "Yargıya hakaret" davasında ise 3 yıl olmak üzere toplam 48 yıl hapis cezası verildi.
- Mursi'nin mahkeme salonunda vefatı
Haziran, Muhammed Mursi için özel yaşamı ve siyaset hayatı bakımından çok önemli gelişmelerin yaşandığı bir ay olarak tarihe geçti.
Cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazandığının ilanı (24 Haziran 2012), yemin ederek göreve başlaması (30 Haziran 2012), darbecilerin kendisini devirmek için büyük bir gösteri düzenlemesi (30 Haziran 2013), hakkındaki idam kararı (16 Haziran 2015) ve vefatı (17 Haziran 2019) hep bu ayda gerçekleşti.
