İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu Başsavcıvekili Mehmet Akif Ekinci ve savcı Yasemin Baba tarafından Cumhuriyet gazetesi yönetici ve yazarları hakkında "PKK/KCK, FETÖ/PDY ve DHKP/C'ye müzahir oldukları" iddiasına ilişkin hazırlanan ve mahkemeye gönderilen 274 sayfalık iddianamenin detayları belli olmaya başladı.
İddianamede, şüphelilerden Can Dündar'ın 08 Şubat 2015'de vakıf yönetim kurulunun kararıyla Cumhuriyet gazetesinin genel yayın yönetmenliğine getirildiği, bu tarihten sonra gazetenin yayın politikasının radikal bir değişikliğe uğradığı belirtildi.
Şüpheli Akın Atalay'ın, yönetim kurulu tarafından vakıf senedinde yer almayan "İcra Kurulu" adında bir organ oluşturularak bu kurulun başına getirildiği ve bu yolla şüpheliye gazetenin yönetiminde ciddi bir güç sağlandığı anlatılan iddianamede, Türk Ticaret Kanunu'na ve şirket esas sözleşmesine aykırı olarak vakıf ve şirket yönetim kurulu kararlarıyla Cumhuriyet gazetesini yönetmek üzere geniş yetkilere sahip şekilde oluşturulan icra kuruluna gazetenin künyesinde dahi yer verilerek gazetenin bu kurul tarafından yönetildiği izleniminin verildiği, fiilen şirket yönetim kurulunun yapması gereken işlerin icra kurulu tarafından yapıldığı, icra kurulunda bir karar defteri tutulmadığı için alınan kararların ve yürütülen işlerin takibinin ve denetiminin mümkün olmadığı kaydedildi.
Şüpheli Mehmet Orhan Erinç'in Cumhuriyet Vakfının başkanı olduğu, özellikle 2013 yılı ve sonrasında vakıf yönetim kuruluna yapılan üye seçimlerini manipüle etmeye yönelik fiilleriyle vakfın cumhuriyetçi yazarlardan tasfiye edilmesi, bu yolla gazetenin geleneksel yayın politikası ve dünya görüşü ile bağdaşmayan hatta onun tam tersi istikamette bir çizgiye eğilmesini sağladığı iddia edildi.
Vakfın 2 Nisan 2013 tarihinde yapılan seçimde şüpheli Önder Çelik'in seçilmesini sağladığı anlatılan iddianamede yapılan seçimle ilgili şu bilgiler aktarıldı:
'Nitekim tanık İnan Kıraç'ın beyanında, seçimin yapılacağı günlerde Fransa'da bulunması gerektiğini yönetim kurulu başkanı Orhan Erinç'e bildirdiğini ve toplantının 1 hafta ertelenerek Türkiye'ye döndüğünde yapılmasını istediğini ancak M. Orhan Erinç'in o dönemde tutuklu olan Mustafa Balbay'ın da toplantıya katılamayacağını, vekaleten oy göndereceğini, kendisinin de bu yolla oyunu gönderebileceğini söylemesine rağmen 02 Nisan 2013 günü yapılan toplantıda zarf içinde gönderilen oyunu geçerli saymadığını, bu durumun seçim sonucunu etkileyerek Aydın Aybay'ın yerine yönetim kuruluna Önder Çelik'in seçilmesine neden olduğunu, bu sürecin sonunda 90 yıllık Cumhuriyet gazetesi çizgisinin tamamen kaybolduğunu, Cumhuriyet gazetesini alıp okumamaya başladığını beyan ettiği, keza Tanık Alev Coşkun'un da 02 Nisan 2013 günü yapılan yönetim kurulu seçiminde İnan Kıraç'ın oyunun kabul edilmemesine itiraz ettiğini fakat itirazının kabul görmemesi sebebiyle yapılan oylama sonucu Önder Çelik'in seçildiğini, halbuki İnan Kıraç'ın kabul edilmeyen oyunu Mustafa Pamukoğlu'na verdiğini, eğer onun oyu geçerli sayılsa idi Mustafa Pamukoğlu'nun yönetime gireceğini, müteakiben 07 Ekim 2013'de vakıf senedine göre iki yılda bir yapılması gereken rutin yenileme seçiminde Şevket Tokuş (Cumhuriyet Gazetesinin 1923 yılındaki kurucusu Yunus Nadi ile akraba) ve kendisinin seçilemediğini, Nail İnal ve Musa Kart'ın yönetime girdiğini, bu yolla kurucu yönetim kurulu üyesi olduğu Cumhuriyet Vakfından uzaklaştırıldığını, böylece Cumhuriyet Vakfının yapısının değişerek gazetenin genlerinden yavaş yavaş uzaklaştırıldığını beyan etmiştir.'
Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün 8 Mart 2017 tarihli Teftiş Kurulu Raporuna da yer verilen iddianamede, raporda vakfın İstanbul Şişli'de bulunan taşınmazının 2 milyon 4 bin TL bedel üzerinden 17 Aralık 2015 tarihinde satıldığı, bu satış dolayısıyla en az 100 bin TL en çok 933 bin 333 TL zararının oluştuğu belirtildi.
Yine raporda, Yeni Gün Haber A.Ş'nin Ankara Çankaya ilçesinde bulunan taşınmazının 09 Aralık 2014 tarihinde yaptırılan ekspertiz raporundaki bedelin 3 milyon 500 bin TL olmasına rağmen 19 Kasım 2015 tarihinde yeniden ekspertiz raporu düzenlettirilerek, söz konusu bu raporda 2 milyon 500 bin TL bedelin tespit ettirildiği, 16 Aralık 2015 tarihinde 2 milyon 900 bin TL bedelle satıldığı belirtilerek, bu satıştan yaklaşık 3 ay sonra bu taşınmazı satın alan firmanın aynı taşınmazı 3 milyon 563 bin 600 TL bedelle üçüncü bir kişiye satıldığı, şirketin Ankara'daki bu taşınmazın satışından yaklaşık 663 bin 600 TL zarar ettiğinin tespit edildiği kaydedildi.
