Galatasaray'ın altyapısında yetişen ve 2005-2006 sezonunda A takımda kendisine yer bulan 27 yaşındaki futbolcu, 8,5 sezon sarı-kırmızılı ekipte görev yaptı.
Sakatlıklar ve performans düşüklüğü sebebiyle bir türlü istikrarlı şekilde forma şansı bulamayan Aydın, Galatasaray'da 99 Süper Lig, 25 Türkiye Kupası, 16 Avrupa kupaları ve 2 de TFF Süper Kupa maçı olmak üzere toplam 142 resmi müsabakada oynadı.
Aydın Yılmaz, sarı-kırmızılı formayla Süper Lig'de 5, Türkiye Kupası'nda 4 ve Avrupa kupalarında 2 olmak üzere toplam 11 kez meşin yuvarlağı ağlarla buluşturdu.
- 3 kez kiralık gönderildi
Galatasaray, Aydın Yılmaz'ı her biri yarım sezon olmak üzere 3 farklı takıma kiralık olarak gönderdi.
2007-2008 sezonunun başında Mansisaspor'a kiralık giden ancak yaşadığı sakatlık sebebiyle bu takımla hiçbir maça çıkmayan Aydın, sezonun ikinci yarısında İstanbul Başakşehir'e kiralandı. Aydın Yılmaz, İstanbul Başakşehir forması altında ise 7 Süper Lig maçı oynadı.
Aydın, 2009-2010 sezonunun ikinci yarısını ise Eskişehirspor'da geçirdi ve bu takımla 9 Süper Lig maçında görev yaptı.
- Konyaspor'a attığı golle hafızalarda yer edindi
Aydın Yılmaz, Galatasaraylı taraftarların hafızasında 2005-2006 sezonunda deplasmanda Konyaspor'a attığı golle yer edindi.
Sarı-kırmızılı takımla profesyonel kariyerindeki ilk maça çıkan Aydın Yılmaz, karşılaşmanın 84. dakikada Hasan Şaş'ın yerine oyuna dahil oldu. Aydın'ın 90+2. dakikada attığı golle karşılaşmadan 1-0 galip ayrılan Galatasaray'ın şampiyonluğa ulaştığı sezonda önemli bir galibiyet etmiş oldu.
- Aydın Yılmaz'ın performansı
Aydın Yılmaz'ın sarı-kırmızılı takımdaki 8,5 sezonluk performansı şöyle:
| Sezon | Süper Lig | Türkiye Kupası | Avrupa K. | Gol |
| 2005-2006 | 12 | 2 | - | 2 |
| 2006-2007 | 3 | 1 | 1 | - |
| 2008-2009 | 15 | 3 | 3 | 3 |
| 2009-2010 | 11 | 2 | 7 | - |
| 2010-2011 | 19 | 5 | 1 | 2 |
| 2011-2012 | 15 | 2 | - | 2 |
| 2012-2013 | 17 | 2 | 3 | 2 |
| 2013-2014 | 6 | 4 | 1 | - |
| 2014-2015 | 1 | 4 | - | - |
